21세기 노다지를 약속하는 자동화 과학
인간이 수행하는 과학 실험과 발견에는 한계가 존재한다. 하지만 인공지능과...



  • 21세기 노다지를 약속하는 자동화 과학

    인간이 수행하는 과학 실험과 발견에는 한계가 존재한다. 하지만 인공지능과 컴퓨팅, 로봇을 통한 과학 실험과 발견에는 한계가 없다. 오늘날, 이러한 새로운 과학 실험과 발견에 대한 거대한 움직임이 이미 시작되었다. 현재 어떤 일이 일어나고 있는가?

    2000년대 초반 이후 생산성이 비교적 안정세를 보인 이후, 많은 경제학자들은 이러한 생산성이 다시 1990년대에 나타난 성장률과 같거나 그 이상 초과할 것이라는 점에 대해서는 회의적인 것 같다. 이들의 회의는 사실 놀라운 일이 아니다. 이들 경제학자들은 월드와이드웹의 발명 이후, 생산성을 기술적 안정기의 관점에서만 생각하기 때문이다. 지난 30년의 위대한 성공 사례는 대부분 그 돌파구가 발생한 이후의 선형 외삽법(linear extrapolation) 방식에 의한 것이었다. 즉, 경제학자들은 과거의 추세가 그대로 지속되리라는 전제 아래 미래를 예측한다. 검색 엔진, 소셜 미디어, 스마트폰 및 SaaS(Software-as-a-Service)는 각각 엄청난 가치를 창출했지만, 이는 모두 1990년대 초에 만들어지고 이후 정제된 기술 패러다임의 부산물이었다. 하지만 다음 ‘레그업(leg up)’은 이미 만들어진 이러한 기반 위에 새로운 비즈니스 모델과 기술 패러다임을 구축하는 것이다.

    결론적으로 지금부터 2030년대 중반까지 폭발적인 부의 창출이라는 새로운 물결은 유비쿼터스 네트워크 컴퓨팅, 인공지능, 양자 컴퓨팅, 로봇 공학이 결합되어 250년 전에 시작된 기술 도로에서 다음 큰 도약을 이루면서 가능해질 것이다. 기존 시스템이 최적화되어 진정한 혁신이 이루어지는 것이다.

    미국을 보자. 자유 시장과 끊임없는 기술 혁신이 결합되어 미국인들은 1인당 GDP(오늘날 달러로 환산)를 연간 약 1300달러에서 거의 65,000달러로 높일 수 있었다. 이 전례 없는 상승은 250년과 4년 반 동안의 기술 경제 혁명을 통해 일어난 것이다. 앞의 기술 경제 혁명은 에너지를 활용하고 육체노동을 자동화하여 생산성을 높이는 데 중점을 두었다. 그 기간 동안 연구자들은 시행착오를 거치는 실험을 수행해야 했고 이와 결합된 수동적인 계산을 활용해 ‘과학적 발견의 그나마 적은 열매’만을 수확했다.

    즉, 각각의 의미 있는 돌파구들을 식별하고 상업화하는 데 훨씬 더 많은 시간과 노력이 들었기 때문에, 인간의 독창성이 일상적으로 새로운 블록버스터를 생산하는 데 어려움이 있었던 것이다. 이러한 이유로 많은 경제학자들은 우리가 저성장 ‘뉴 노멀’에 갇혀 있다고 믿는다.

    다행스럽게도 1971년에 시작된 제5차 기술 경제 혁명은 이러한 패러다임을 바꾸고 있다. 이 기술 경제 혁명을 통해 이전 기술이 농업, 제조, 운송, 통신, 엔터테인먼트에 제공했던 일종의 게임 체인저 솔루션을 과학이라는 분야에 제공할 수 있음이 입증되고 있기 때문이다. 이렇게 새롭게 등장한 솔루션에는 무엇이 있을까? 그리고 이 솔루션은 왜 이제야 우리 세계에 혁명을 일으키기 시작할까?

    무어의 법칙과 ‘네트워크의 규모가 커지면 비용은 직선적으로 늘지만, 그 가치는 기하급수적으로 증가한다’는 메트칼프의 법칙(Metcalfe’s law)을 고려하면, 이러한 전례 없는 발전은 컴퓨팅 및 네트워크의 가격 대비 성능이 기하급수적으로 계속 향상되고 있음을 의미한다. 즉, 방대한 컴퓨팅 리소스, 데이터베이스, 통신 기능에 액세스할 수 있는 기능이 우리 주변에 항상 존재하는 것이다. 제5차 기술 경제 혁명의 황금기 또는 시너지 단계의 등장을 정의하는 특징은 디지털 기술을 사용하여 삶과 비즈니스의 거의 모든 측면에서 인류의 능력이 질적, 양적으로 크게 성장한다는 것이다.

    이 새로운 시대의 핵심 부산물이자 원동력은 ‘협소한 인공 지능’으로 알려진 ‘머신 러닝’이다. 이것의 일상적 가치는 구글의 검색 엔진, 아마존의 알렉사, 애플의 최신 아이폰에 구현된 것처럼 어디에나 존재하고 있다.

    그리고 이제 이러한 머신 러닝은 최근까지 상상할 수 없었던 방식으로 과학 연구에 혁명을 일으키려고 한다. 이 기술이 연구의 모든 측면을 수행하여 자체 강화 선순환을 생성하는 더 좋고, 빠르고, 저렴한 방법을 가능하게 하기 때문이다. 보다 생산적인 연구가 새로운 중요한 발견을 더 빠르고 저렴하게 이끌어 내고 부를 증가시키고, 사회가 연구 향상에 더 많은 자원을 투자하도록 장려함에 따라 이 기술의 광범위한 의미가 온 지구를 뒤흔들 것이다.

    이 디지털 연구를 통해 할당된 기존 리소스의 양에 관계없이 이전에는 할 수 없었던 일을 이제는 수행할 수 있다. 더욱이, 가속화된 연구를 통해 오늘날 우리 중 가장 부유한 사람들에게 혜택을 주는 솔루션이 발명되고, 불과 몇 년 안에 그 혜택을 세계에서 가장 가난한 사람들에게까지 확대할 수도 있다.

    전 세계적으로 ‘발견 프로세스’가 이렇게 빠르게 진행되거나 접근이 용이한 적은 인류 역사에 없었던 일이다. 그리고 이 속도는 매년 더 빨라지고 있다. 과학 연구는 이미 이러한 스마트 기계를 발판 삼아, 스마트한 연구자들에게 더 나은 환경을 제공하고 있다.

    그 속도 때문에 과학자들은 종종 자신의 과학 연구 전문 분야 내에서만 이러한 혁명을 인식하고 있고, 매우 소수의 관리자, 정책 입안자, 투자자만이 아직 초기 단계에 있는 과학의 디지털 혁명의 적용 범위를 높게 평가하고 있다. 즉, 현재 무슨 일이 일어나고 있는지 알고 변화의 초기 징후를 포착할 수 있다면 그것은 큰 기회를 제공할 것이다.

    가장 큰 기회는 무엇이고 이것이 과학자, 소비자, 투자자에게 무엇을 의미하는지 살펴보자.

    이 혁명을 이해하려면 과학적 발견 주기의 기존 5단계를 이해하고 디지털화가 각 단계에서 프로세스를 향상시킬 수 있는 방법을 고려해야 한다.

    1단계: 과학 문헌을 탐색한다. 여기에서 끝없는 작업은 엄청난 자료의 바다에서 관련 과학 논문을 식별하는 동시에 새로운 것이 등장할 때마다 이를 추적하는 것이다.

    2단계: 실험을 설계한다. 여기에서 과제는 가설을 공식화하고 테스트 방법을 결정하는 것이다. 비즈니스 전략과 마찬가지로 실험적 설계는 나머지 연구를 안내하는 실행, 투자, 메트릭스를 결정한다. 핵심은 새로운 지평의 탐색과 잘 알려진 현상의 활용 사이에서 적절한 절충안을 찾는 것이다.

    3단계: 실험을 실행한다. 수백만 개의 데이터 포인트와 그 관계를 추적하는 것이다. 예를 들어 생명 과학의 경우 다양한 분자와 세포에 대한 실험이 포함된 수천 개의 작은 튜브를 오염을 피하면서 정확하게 정해진 기간 동안 세심하게 모니터링하는 것이다.

    4단계: 데이터를 해석한다. 여기에는 실험을 통해 도출된 원시 데이터의 홍수를 이해하는 것이 포함된다. 예를 들어 생명 과학에서 이것은 수 테라바이트의 유전 및 생화학적 정보를 포함할 수 있다. 목표는 실험 결과를 과학적 발견으로 변환하는 데 있다. 여기에서 연구자는 가설이 정량적으로 확인되었는지 또는 거부되었는지를 결정한다. 또는 동등하게 흥미로운 또 다른 가설이 공식화되고 확인된다.

    5단계: 새로운 과학 논문을 작성하거나 특허를 신청한다. 여기에서 하나의 사이클이 끝나고 새로운 사이클이 시작된다. 연구원들은 1단계에서 확인되었는지 여부에 관계없이 모든 관련 선례를 인용했는지 확인한다. 이후 동료 검토가 완료되면 결과가 과학 문헌에 추가되어 다른 연구자가 인용할 수 있게 된다. 이상적인 경우, 이 발견은 자주 인용되는 연구 논문으로 번역될 뿐만 아니라 가치 있는 특허의 기초가 되며 아마도 완전히 새로운 기업이 탄생할 수 있는 계기가 된다.

    문명의 여명기부터 1980년대까지, 이 5단계의 주기는 고된 수작업을 통해 이루어졌다. 그리고 이후 과학 문헌이 컴퓨터에 저장되고 메인프레임과 미니컴퓨터를 사용하여 대규모 데이터 세트의 통계 분석이 널리 사용 가능하게 되었으며 실험자들은 데이터 세트를 구축하기 위해 디지털 기기를 점점 더 많이 사용하게 되었다. 그리고 다시 약 35년 동안 이러한 기존 디지털 솔루션이 더 훌륭하고 저렴하고 빨라지게 되었다.

    다만 인공지능, 빅데이터 기법, 로봇공학을 연구에 적용하여 비약적인 도약을 가능하게 한 것은 2015년 전후이다. 이제 주요 목표는 이러한 기술을 활용하여 과학적 과정에서 인간을 증강하거나 심지어 대체하는 데 있다. 두 번째이자 더 큰 목표는 이전에는 불가능했던 연구를 일상화하는 것이다.

    이를 위해 연구자들은 이미 데이터 급류에 인공 신경망 형태로 인공 지능을 구현하고 있다. 이 인공 지능은 규칙 기반 시스템에 대한 이전의 시도와 달리 인간 전문가의 지식으로 프로그래밍될 필요가 없다. 인공 지능은 인간이 처리할 수 있는 것보다 훨씬 더 크고 난해한 데이터 세트에서 ‘패턴을 보고’, ‘이상을 발견’할 수 있을 때까지 종종 대규모 ‘훈련 데이터’ 세트에서 스스로 학습한다.

    이 새로운 패러다임이 어떻게 결실을 맺을지 이해하려면, 인공 지능이 신약 개발 과학을 변화시킨 몇 가지 방법을 살펴보면 된다.

    첫째, 인공 지능은 방대한 양의 데이터를 분석하여 인간이 식별하기에는 너무도 복잡한 데이터 세트의 패턴을 식별할 수 있다.

    둘째, 인공 지능은 이러한 데이터를 기반으로 예측을 생성하여, 새로운 약물 표적과 주요 분자에 대한 빠르고 정확한 식별을 이루어낸다.

    셋째, 인공 지능은 자연어 처리를 사용하여 이질적 정보와 데이터 세트를 결합하여 연구자에게 단일 실험으로는 제공할 수 없는 통찰력을 제공할 수 있다. 여기에는 모든 관련 과학 저널이 포함된다.

    넷째, 약물 발견의 핵심 과제 중 하나는 약물이 표적으로 삼을 수 있는 단백질 구조를 이해하는 것이다. 구조는 실험적으로 식별할 수 있지만 그 과정에서 시간과 비용이 크게 발생한다. 이에 구글 딥마인드(DeepMind)는 최근 단백질 구조를 고정밀도로 예측할 수 있는 인공지능 플랫폼 알파폴드(AlphaFold)를 출시했다. 알파폴드는 신약 개발의 주요 병목 현상 중 하나에 대한 솔루션을 제공하여 잠재적인 약물 표적의 방대한 새로운 세트를 탐색할 수 있다.

    다섯째, 생물학적 시스템은 매우 복잡한 상호작용 네트워크로 구성된다. 즉, 시스템의 복잡성으로 인해 약물이 어떻게 부작용을 일으킬 수 있는지 예측하기란 매우 어렵다. 이에 이-테라퓨틱스(E-therapeutics)는 인공 지능을 사용하여 이러한 복잡한 네트워크를 모델링 및 분석하고, 전체 생물학적 시스템의 대표 시뮬레이션을 실험실 버전의 환자 치료법으로 변환시켜 값비싼 임상 단계 실패를 줄이는 데 도움이 될 것이라는 가설을 내놓았다.

    따라서 인공 지능은 초기 단계임에도 불구하고 이미 약물 발견 프로세스에 혁명적 영향을 미치고 있다는 사실을 널리 인정받고 있다. 또한 이를 통해 연구에 소요되는 각종 리소스를 완화시키고, 개발 일정을 가속화함으로써 비용을 절감할 수도 있다. 이에 대응하여 인공지능 공급업체와 약물 개발자 간 수많은 파트너십이 체결되었다.

    그리고 이것은 다양한 인공지능 기반 약물 발견 플랫폼에 대한 벤처 캐피탈을 촉발했다. 더 빠르고 더 저렴한 약물 발견 방법의 가능성으로 인해 지난 10년 동안 수많은 신생 기업들이 설립되었다. 수많은 기업이 대규모 투자를 받고 대형 바이오 제약 회사와 파트너십을 구축했다.

    그렇다면 어떤 회사가 신약 개발에 인공 지능을 사용하고 있고, 누가 이 개발을 지원하고 있을까? 몇 가지만 살펴 보자.

    베네볼런트에이아이(BenevolentAI)는 기계 학습을 사용하여 대규모 저장소에서 관련 생물 의학 데이터를 연결하는 소위 ‘지식 그래프’를 생성한다. 이러한 지식 그래프에는 데이터의 복잡성과 볼륨으로 인해 인간이 스스로 합성할 수 없는 통찰력이 포함되어 있다. 이 정보는 약물 표적을 식별하고 리드 분자를 개발하며, 알려진 약물의 용도를 변경하는 데 사용할 수 있다. 

    베네볼런트에이아이는 승인된 류마티스 관절염 치료제인 바리시티닙(baricitinib)이 코로나 19 치료에 사용될 가능성이 있음을 확인했다. 이후 FDA는 입원한 코로나 환자를 치료하기 위해 바리시티닙의 사용을 승인했다. 베네볼런트에이아이는 아스트라제네카(AstraZeneca)와 협력하고, 이 파트너십은 베네볼런트에이아이의 플랫폼과 아스트라제네카의 전문 지식 및 대규모 데이터 세트를 결합하는 것이다. 이들은 2021년 1월 만성신장질환의 새로운 표적 발견을 발표했다.

    레커전(Recursion)이라는 회사는 분자 치료로 인한 세포 생물학의 미묘한 변화를 식별하기 위해 머신 비전을 사용하여 약물 발견을 더 빠르고 저렴하게 만드는 것을 목표로 한다. 이 접근 방식을 통해 이 회사는 방대한 양의 실험 데이터를 신속하게 분석할 수 있다. 데이터는 매주 150만 건의 실험을 수행하는 자동화된 로봇 실험실을 통해 사용된다. 

    이 회사는 1상 임상 시험에서 4개의 약물 후보를 보유하고 있으며 섬유성 질환에 대한 새로운 치료법 개발을 목표로 하는 바이엘과 지속적인 파트너십을 맺고 있다. 21년 4월에 레커전은 나스닥에서 4억 3,600만 달러의 IPO를 완료했다.

    오늘날, 새로운 약물의 발견과 승인에는 약 26억 달러 이상의 비용과 최소 10년의 시간이 소요되는 것으로 추정된다. 인공지능 약물 발견 기술은 아직 초기 단계이고 많은 응용 프로그램이 여전히 탐색 중이지만 약물 발견 프로세스를 개선할 수 있는 인공지능의 잠재력에 대해서는 의심의 여지가 없다.

    2015년 이후로 인공지능 서비스와 제약 산업 간에 약 100개의 새로운 파트너십이 체결되었다. 또한 2021년 11월, 알파벳(Alphabet)은 신약 개발에 대한 새로운 ‘인공지능 우선 접근 방식’을 제공하는 것을 목표로 하는 구글딥마인드의 분사 이소모픽랩(Isomorphic Laboratories)을 발표했다.

    제약 산업의 이러한 초기 발전은 자동화된 과학 연구가 가치를 창출하는 방식에 혁명을 일으키게 될, 광범위한 세계의 한 분야에 불과하다는 점을 인식하는 것이 중요하다. 전 세계의 연구실은 이러한 핵심 역량을 재료 과학, 화학 합성, 기타 여러 분야에 적용하느라 분주하게 움직이고 있다. 

    이들의 공통 아이디어는 거의 모든 틈새시장에서 더 저렴하고 빠르고 효과적인 재료와 공정을 만드는 것이다. 이렇게 함으로써 자동화된 과학 연구는 농업, 운송, 항공우주, 건설, 에너지, 소비재와 같은 다양한 산업을 변화시키고 향상시킬 수 있다.

    이러한 추세를 감안할 때 우리는 향후 네 가지를 예측해보고자 한다.

    첫째, 빠르면 2030년, 자동화된 과학 연구로 가능해진 혁신적 신소재의 홍수로 인해 광범위한 산업이 전혀 새로운 모습으로 변모할 것이다.

    자동차, 포장, 건설, 농업과 같은 다양한 산업에서 생산성을 높이려면 더 나은 재료가 필요하다. 지금까지 재료 발견은 과학자들이 새로운 분자를 생성한 다음 원하는 특성에 대해 순차적으로 각각을 테스트하는 시행착오 과정이었다. 이러한 과정에는 평균 20년이 걸리고, 이는 대부분의 기업에게 고비용과 고리스크를 강요한다. 하지만 이제 다음 사항들을 상상해보자.

    - 분자의 전자 구조에 대한 정확한 지식을 사용하여 새로운 디자인을 만드는 컴퓨터 프로그램

    - 이러한 분자를 만들고 테스트하는 로봇

    - 우리가 찾고 있는 특성을 가진 재료를 생산할 때까지, 분자 테스트, 디자인 조정, 다시 테스트 등의 업무에 소프트웨어와 로봇이 함께 작동

    이미 토론토 대학의 연구원들은 인공지능, 로봇 공학, 컴퓨팅의 발전을 사용하여 이 비전을 실현하고 있다. 이들 연구실 중앙에는 트랙을 따라 앞뒤로 움직이는 로봇, 질소로 채워진 유리, 금속 인클로저가 있다.

    로봇은 인클로저의 측면 근처에 있는 캐니스터 배열에서 분말과 액체를 선택하고 고도의 정확도로 여러 반응기 중 하나에 내용물을 넣을 수 있다. 로봇은 24시간 연중무휴로 화학 물질을 혼합하는 지칠 줄 모르는 실험실 조수와 같다. 이 로봇은 12시간마다 40개의 화합물을 만들 수 있다. 로봇 외에도 시스템에는 후보 분자를 식별하는 켐오에스(ChemOS)라는 소프트웨어가 있다. 또 다른 프로그램은 켐오에스를 로봇에 연결하여 요청 시 이러한 후보를 합성하도록 지시한다.

    이 시스템의 세 번째 특징적 구성 요소는 생산 프로세스의 완전 자동화된 ‘폐쇄 루프’이다. 반응이 끝나면 생성된 액체는 플라스틱 호스를 통해 작은 냉장고 크기와 모양의 분석 기계로 흘러 들어가 원치 않는 부산물을 분리해낸다. 그런 다음 정제된 출력물은 그 속성을 확인할 수 있도록 테스트 로봇으로 넘겨진다.

    이러한 결과가 완료되면 로봇은 실험 결과를 켐오에스 프로그램에 다시 입력하여 인공 지능이 해당 실험에서 학습하고 즉시 새롭고 더 나은 후보 분자 슬레이트를 생성할 수 있도록 한다. 그런 다음 여러 차례의 예측 끝에 합성 및 테스트의 결과값이 나타난다.

    이와 같이 자동화된 폐쇄 루프 발견 시스템을 사용하는 아이디어는 화학 연구자들에게 점점 더 매력적으로 다가오고 있다. 밴쿠버, 뉴욕시티, 어바나-삼페인(Champaign-Urbana), 글래스고우 등의 다른 대학들도 현재 유사한 시설을 건설하고 있다. 이러한 다목적 자동 분자 생성 시설이 대학 캠퍼스와 전 세계 기업 R&D 센터에 등장함에 따라 비용 효율적인 고성능 재료의 새로운 시대가 도래할 것이다.

    둘째, 기업이 SaaS(Software-as-a-Service)에 의존하는 것처럼, 많은 기업들이 실험 실행과 관련된 시간, 비용, 운영 문제를 극적으로 줄이기 위해 완전 자동화된 원격 연구소에 의존할 것이다.

    생명 과학에서 클라우드 기반 원격 실험실은 이미 최첨단 실험의 속도, 비용, 품질 및 접근성을 획기적으로 개선하는 엄청난 이점을 제공할 수 있다. 에머랄드 클라우드 랩(Emerald Cloud Labs), 트랜스크립틱(Transcriptic)과 같은 회사는 최첨단 로봇 연구소에서 시간을 판매한다. 

    완전 자동화된 멸균 실험실을 구축하고 운영하기 위해 백만 달러 이상을 투자하는 대신 모든 신생 기업이나 기술 회사는 ‘필요에 따라’ 이러한 시설에 대한 액세스 권한을 구입할 수 있다. 이곳에서 로봇은 연구원의 실험 계획을 완벽하게 실행하고 실험의 최종 제품과 함께 데이터 파일을 전달한다.

    클라우드를 통해 거의 모든 기업에서 슈퍼컴퓨팅 성능에 액세스할 수 있는 것처럼 이 실험실에서는 거의 모든 생명공학 연구원에게 실험실에 액세스할 수 있는 권한을 부여한다. 이러한 여파로 엔젤 또는 벤처 캐피탈 자금을 지원받는 스타트업이 주요 기업 연구 센터와 경쟁할 수 있는 구도가 형성될 수 있다.

    셋째, 인공 지능의 가장 큰 영향은 과학적 발견과 제품의 개발 측면에 있을 것이다. 그리고 그곳에서 전체 산업은 인공 지능 없이는 가능하지 않았을 발견을 중심으로 새롭게 구축될 것이다.

    앞서 언급한 단백질 접힘 돌파구는 많은 블록버스터 사례 중 최신 사례일 뿐이다. MIT 연구자들은 최근 ‘수일 만에 1억 개 이상의 화학 화합물을 스크리닝할 수 있는 컴퓨터 모델이 기존 약물과 다른 메커니즘을 사용하여 박테리아를 죽이는 잠재적인 항생제를 선별하도록 설계됐다’고 발표했다. 

    마찬가지로 와이어드(Wired) 지는 미국에서 개발한 인공지능 플랫폼을 사용하여 이전보다 10배 더 빠르게 다양한 리튬 배터리 화학물질을 분석하고 있는 슬로바키아 기반 회사 이노뱃(InoBat)을 보도한 바 있다. 그러나 이것은 판도를 완전히 바꾸는 과학적 연구 수행에 대한 인공지능의 고유한 능력 활용에 있어 ‘빙산의 일각’에 불과하다. 이 기술은 아직 초기 단계이기 때문에, 이전에는 상상할 수 없었던 솔루션이 어디까지 가능한지 아직 알 수 없지만, 새로운 회사와 심지어 새로운 산업의 기반을 형성할 것이다.

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